GitHubで2段階認証を設定した後、それまで使っていたリポジトリへのpushがエラーで出来なくなりました。

https://wada811.blogspot.com/2014/05/failed-to-push-to-github-over-https.html
https://qiita.com/kz800/items/497ec70bff3e555dacd0
を参考に、GitHubのPersonal access tokensを設定して .netrcに記述すればpushは出来るようになりました。

その後、別のプライベートリポジトリをcloneしようとしたらエラーで出来なかったので、以下のようにすればclone出来ました。

git clone https://ユーザ名:アクセストークン@github.com/ユーザ名/リポジトリ名